23 Eylül 1215 tarihinde dünyaya gelen Kubilay Kağan, Cengiz Han'ın en küçük oğlu Tuluy ile Büyük Hatun Sorkaktani'nin ikinci oğlu olarak hayata gözlerini açtı.
Geleneklere uygun olarak çocukluğu, önce Nayman, ardından da Tangut kabilesinden bakıcılara emanet edildi, bu süreçte sağlam bir eğitim aldı.
İlk avında gösterdiği başarı üzerine, Moğol geleneklerine uygun olarak dedesi Cengiz Han tarafından onurlandırıldı; parmaklarına et ve yağ sürüldü.
Ağabeyi Mengü Kağan'ın yönetimi sırasında, Çin'in Şan-si ve Honan eyaletlerinin idaresiyle Sung hanedanının hâkimiyetindeki toprakların fethine görevlendirildi.
1253'te Nan-çan Devleti'ne son verdi ve Mengü Kağan'ın ölümüyle Moğolistan'a dönerek, kardeşi Arıkboğa ile taht mücadelesine girişti. 1261'deki savaşta Arıkboğa'yı mağlup ederek kağan ilan edildi.
Kubilay Kağan, Sung hanedanına son verip Çin'i tek başına yönetmek üzere Yüan hanedanını kurdu. Hanedanının başşehrini Karakorum'dan Hanbalık'a taşıdı.
İmparatorluğun idari yapısını düzenlerken, İran'ı Hülâgû'nun oğlu Abaka'ya, Cuci ulusunu Batu Han'ın torunu Mengü Timur'a, Çağatay ulusunu ise Kara Hülâgû'nun oğlu Mübarek Şah'a teslim etti.
Kubilay Kağan, geniş bir coğrafyada hüküm süren ilk yabancı hükümdar olarak tarihe geçti. Doğu Asya'dan Doğu Avrupa'ya uzanan geniş imparatorluğunu daha da genişletmek için bir dizi sefer düzenledi.
Birmanya'ya yapılan başarılı seferler, Hint Okyanusu'ndaki adaların hâkimiyeti, ancak başarısızlıkla sonuçlanan Japonya istilası ve Çinhindi ile Cava'ya yönelik askeri harekâtlar, Kubilay Kağan'ın liderliğindeki Moğol İmparatorluğu'nun önemli anları oldu.
Kubilay Kağan, saltanatı süresince ilim, kültür, sanat ve edebiyatı desteklemiş bir lider olarak bilinir.
Hanbalık'ta iki rasathane inşa ettirerek bilime katkıda bulunmuş ve Tibetli lama Passe-pa'nın geliştirdiği dört köşeli yazı sistemini Moğolca'ya uygulatmıştır.
Budizm'i benimsemesine rağmen diğer dinlere karşı hoşgörülü bir tutum sergilemiş, ancak İslâmiyet'e karşı çıkışını net bir şekilde göstermiştir.
İdari, mali ve ziraî alanlarda çeşitli düzenlemeler yaparak Moğol İmparatorluğu'nu güçlendirmiştir. İdari teşkilatı yeniden düzenleyerek ülkeyi on iki eyalete ayırmış, ayrıca genel bir nüfus sayımı gerçekleştirmiştir.
Yolların güvenliğini sağlamak ve posta teşkilatını düzenlemek gibi önlemler almıştır. Çiftçilere tohum ve tarım aletleri dağıtarak, tahıl ambarları inşa ederek ziraî faaliyetleri teşvik etmiştir.
Bu çabalarıyla, Çin'de meydana gelen Moğol istilasının yol açtığı tahribatın olumsuz etkilerini kısmen hafifletmeyi başarmıştır.
Kubilay Kağan'ın 1294 yılında vefatından sonra kırk yedi oğlu ve çok sayıda kızı dünyaya gelmiştir. Tarihçi Reşîdüddin Fazlullah-ı Hemedanî, on ikisi muteber olan oğullarının adını belirtmiştir.
Torunu Temür Olcaytu, onun ardından tahta geçmiştir. Cesur bir savaşçı, usta bir komutan ve bilge bir hükümdar olarak anılan Kubilay Kağan'ın kudret ve ihtişamı, Venedikli seyyah Marco Polo tarafından "dünyanın en güçlüsü" ve "Âdem'den bugüne kadar hiç görülmemiş ölçüde güçlü" olarak tasvir edilmiştir.
Kubilay Kağan, Moğol İmparatorluğu'nun son büyük hükümdarıdır ve onun ölümü, İlhanlı ve Altın Orda hükümdarlarının büyük hana olan bağlarının zayıflamasına neden olmuş; Moğol İmparatorluğu'nun Çin'i yönetme çabaları, Yüan hanedanının son hükümdarı Togan Temür'ün Çin'i terk etmesiyle 1368 yılında sona ermiştir.