Yeşilay'a son yıllarda yapılan devlet aktarımlarının hızla artması da endişe uyandırıyor. 2015'te 15 milyon TL olan destek, 2023 yılında 717 milyon TL'ye ulaştı. Bu artış, kamunun kaynaklarının nasıl kullanıldığına dair soruları beraberinde getiriyor.
Son olarak, Yeşilay'ın tarihi yapılar üzerindeki hakları da tartışma konusu. Sarayburnu'ndaki Sepetçiler Kasrı ve Sirkeci Garı'nın liman bölgesinin Yeşilay'a tahsis edilmesi, kuruluşun etkisinin sadece mali destekle sınırlı olmadığını gösteriyor.